A dirección do CiTIUS recae no Prof. Dr. Senén Barro Ameneiro, Director Científico, e a Prof. Dra. Paula López Martínez, Directora Adxunta
No modelo organizativo do CiTIUS adquire un papel relevante o asesoramento prestado polas súas dúas comisións externas.
A Comisión Científica Externa asesora á Dirección do Centro, avalía periodicamente o desenvolvemento da súa actividade científica e asesora sobre a adscrición de novo persoal investigador. Na actualidade está formada por oito investigadores e investigadoras de recoñecido prestixio científico
A Comisión Reitora é o órgano superior de goberno e está formada por representantes da Universidade de Santiago de Compostela e da Xunta de Galicia.
A estrutura de xestión do Centro compleméntase coas catro Áreas de Apoio:
