CystAnalyser

Problema

A enfermidade renal poliquística (PKD) caracterízase polo desenvolvemento progresivo de quistes renais e por outras manifestacións extrarrenais, como a enfermidade hepática poliquística (PLD). A caracterización fenotípica de modelos animais que reproducen enfermidades humanas é unha práctica habitual na comunidade científica para estudar novos mecanismos moleculares e identificar posibles novas abordaxes terapéuticas. O principal biomarcador da progresión da enfermidade é o volume total do ril e do fígado, tanto en humanos como en ratos, que se correlaciona coa función dos órganos. Por este motivo, a estimación do número de quistes e da superficie que ocupan é fundamental para comprender os mecanismos fisiolóxicos subxacentes á enfermidade. Neste sentido, o índice quístico é un parámetro sólido que se emprega habitualmente para cuantificar a gravidade da enfermidade.

A día de hoxe, a gran maioría dos investigadores biomédicos utilizan ImageJ como ferramenta de software para estimar o índice quístico mediante a cuantificación das áreas quísticas en imaxes histolóxicas tras aplicar un limiar. Esta ferramenta ten a limitación de ser pouco precisa, debido á identificación inespecífica de rexións non quísticas (rexións brancas da imaxe), que se contabilizan por erro como áreas quísticas.

Solución proposta: CystAnalyser

CystAnalyser é unha ferramenta de software para a detección e cuantificación automáticas de quistes na enfermidade renal e hepática poliquística, así como noutros trastornos quísticos. Combina o procesamento automático de imaxes cunha interface gráfica de usuario (GUI) sinxela de usar, que permite aos investigadores supervisar e corrixir facilmente o procesamento das imaxes antes da cuantificación. CystAnalyser pode proporcionar aos usuarios o índice quístico, o número de quistes e o perfil de tamaños dos quistes.

CystAnalyser é o suficientemente rápido como para funcionar en liña nun ordenador persoal de uso xeral en calquera laboratorio biomédico (a análise automática leva aproximadamente 3 segundos por imaxe). Se se precisa a supervisión dun experto, leva menos de 3 minutos.

Vídeo de demostración

Vantaxes de CystAnalyzer fronte a ImageJ

• Proporciona máis información: o número de quistes nas imaxes e o perfil quístico (baseado no tamaño individual de cada quiste)
• Permite aos expertos supervisar o proceso de cuantificación predeterminado para obter resultados máis precisos e robustos.
• CystAnalyser supera ImageJ en precisión e fiabilidade, e é menos subxectivo mesmo sen supervisión do usuario.