DenTiUS Biofilm
Toolbox de Matlab para calcular a vitalidade bacteriana en biofilm oral in situ
Dentius_Biofilm é unha caixa de ferramentas para calcular a viabilidade bacteriana do biofilme oral in situ
Autora: Maria J. Carreira (CiTIUS, USC)
Colaboradores: Inmaculada Tomás, Carlos Balsa-Castro (Grupo de Investigación en Ciencias Orais, USC), Nicolás Vila-Blanco
Artigo de referencia no que se emprega a caixa de ferramentas: Quintas V, Prada-López I, Carreira MJ, Suárez-Quintanilla D, Balsa-Castro C e Tomás I: In Situ Actividade antibacteriana dos aceites esenciais, con e sen alcohol, sobre o biofilme oral: un ensaio clínico aleatorizado. Front. Microbiol. 8:2162. doi: 10.3 Frontiers in Microbiology, vol. novembro de 2017, núm. 23. 2017
Levouse a cabo a consecución de diferentes obxectivos mediante a aplicación desta caixa de ferramentas. En primeiro lugar, comparar a viabilidade bacteriana do biofilme oral in situ con diferentes tipos de antisépticos (clorhexidina, aceites esenciais con alcohol e aceites esenciais sen alcohol). En segundo lugar, comparar a viabilidade bacteriana dun biofilme in situ formado sobre un substrato artificial cun biofilme formado in situ sobre os dentes por riba da enxiva nos mesmos individuos, así como o impacto da posición do dispositivo/disco intraoral e do cepillado dental durante a formación do biofilme.
Os voluntarios levan un modelo dividido IDODS (férulas intraorais para a suxeición de discos superpostos), con varios discos e campos, para medir a viabilidade das bacterias no biofilme acumulado in situ.
As imaxes adquírense mediante microscopía confocal, despois de tinguir as mostras de biofilme coa solución LIVE/DEAD® BacLight™.
Para cada paciente con IDODS (férulas intraorais para a suxeición de discos superpostos):
- número de discos (diferentes lugares da IDODS ao longo da arcada dental)
- número de campos de 1 micrómetro de grosor
- número de capas no eixe z da microscopía confocal
Dentius_Biofilm calcula automaticamente a viabilidade bacteriana de cada paciente en cada experimento, aínda que cada paciente teña un número diferente de discos/campos/capas. Funciona coa información da xerarquía de cartafoles.
Dentius_Biofilm elimina automaticamente do cálculo os píxeles non viables que pertencen aos núcleos das células epiteliais
Dentius_Biofilm garda todos os resultados de viabilidade (considerando ou non os núcleos das células epiteliais) nunha folla de cálculo chamada EE_results.xlsx. Tamén garda o número e as propiedades dos núcleos das células endoteliais.